Ya pasó algo parecido el pasado mes de enero con Firefox y el vídeo HTML5. Y es que menuda está liando el nuevo estándar HTML5 y este códec en concreto.
Para aclarar esta confusión, Adobe y Microsoft han publicado en sus webs o blogs sendas notas de prensa explicándo el asunto. Efectivamente IE9 sólo soportaría el formato de vídeo H.264, pero Adobe Flash sí.
Luego confirmado, Adobe y Microsoft confirman que Internet Explorer 9 sí soportará Flash